در زمان خوارزمشاهیان و حاکمیت سلطان محمد خوارزمشاه مغول ها به فرماندهی چنگیز خان مغول مشغول به جهان گشایی بودند.چنگیز خان مغول شخصی بود که به تجارت علاقه زیادی داشت و بازرگانی را تشویق می نمود.چنگیز خان از طرف شرق تصرفاتش به حدود ایران رسیده بود و چنگیز خان با وجود داشتن کشور پر ثروت و عظیم چین که در تصرف داشت به لشکرکشی به ایران نیازی نداشت.از این رو قصد داشت تا با سلطان محمد خوارزمشاه که او را پادشاهی مقتدر میدانست روابط دوستانه برقرار کند.
به همین دلیل جمعی از تجار خود را به ریاست محمود یلواج با هدایایی به خدمت سلطان محمد فرستاد و او را از وسعت کشور و قدرت و لشکر و آبادانی متصرفاتش مطلع ساخت. سلطان محمد نیز که در صدد توسعه متصرفات خود بود از اینکه چنگیز او را در نامه‌اش فرزند خطاب کرده بود خشمگین شد اما محمود یلواج به تدابیری آتش خشم او را فرو نشاند و راضی ساخت که با چنگیز خان روابط دوستی برقرار سازد.سلطان محمد نیز سفیری به دربار چنگیز خان فرستاد که سفیر سلطان محمد پذیرفته شد و چنگیز تجارت بین مغول و قلمرو سلطان را لازمهٔ ایجاد روابط دوستانه اعلام کرد.در جریان همین احوال تعدادی بازرگان مسلمان از قلمرو سلطان محمد پاره‌ای اجناس به ولایت خان مغول بردند و چنگیز هرچند در آغاز ورود با آنها با خشونت رفتار کرد، اما سرانجام از آنها دلجویی نمود و آنها را به خشنودی بازگرداند. در بازگشت آنها، و در سال ۱۲۱۸ میلادی (۶۱۴ ه ق) تعدادی بازرگان مغول را که تعدادشان به ۴۵۰۰ نفر می‌رسید و ظاهراً اکثر آنها نیز مسلمانان ولایت چنگیز خان بودند را با پاره‌ای اجناس به همراه آنها و با نامهای شامل توصیهٔ آنها و درخواست برقراری رابطه بین دو دولت، به قلمرو سلطان خوارزمشاه فرستاد، اما غایرخان حاکم اترار که برادرزاده و تحت حمایت ترکان خاتون مادر محمد خوارزمشاه بود، در مال بازرگانان طمع کرد و تجار مغول را به اتهام جاسوسی در سرحد قلمروی مورد حکومتش توقیف کرد و سپس با اجازهٔ سلطان محمدخوارزمشاه که در آن هنگام در ولایت عراق بود و گزارش غایرخان را نشانهٔ سوءنظر چنگیز تلقی کرد، تمامی این بازرگانان را قتل عام کرد. سپس گماشتگان خوارزمشاه بار کاروان را که شامل ۵۰۰۰ شتر طلا، نقره، مصنوعات ابریشمی چینی، پوست‌های گران‌بها و امثال اینها بود فروختند و مبلغ حاصل را به مرکز دولت خوارزمشاهی فرستادند. چنگیز خان هنگامیکه از واقعهٔ اترار مطلع گردید از خوارزمشاه درخواست نمود تا مسبب این واقعه یعنی غایرخان را به او سپارد و خسارات وارده را جبران نماید. سلطان محمد مایل به استرداد غایرخان نبود زیرا بیشتر لشکریان وغالب سرکردگان لشکر او از خویشان غایرخان بودند و همچنین مادر سلطان محمد، ترکان خاتون، که در کارها نفوذ داشت نیز به قدرت ترکان قنقلی پشت گرم بود و چنین شد که سلطان محمد نه تنها درخواست چنگیز خان را قبول نکرد بلکه سفیر چنگیزخان که برای ابلاغ این درخواست استرداد غایرخان به پایتخت خوارزمشاهی آمده بود نیز به امر سلطان محمد به قتل رسید و همراهان او با ریش و سبیل بریده به نزد چنگیز بازگردانده شدند. این رفتار جنگ طلبانهٔ محمد خوارزمشاه هجوم چنگیزخان را به آسیای مرکزی تسریع نمود.به گفته برخی مورخین ناصر خلیفه عباسی نیز به علت دشمنی با خوارزمشاه مغول را تشویق به حمله به خوارزمشاهیان کرده باشد، از رسم و آیین سیاست و مملکت‌داری این خلیفه بعید به نظر نمی‌رسد اما توجه چنگیز به چنین پیامی در آن ایام بعید می‌نماید.سلطان محمد هنگام حمله مغول ها آمادگی کافی نداشت و از جهتی هم او در هنگام تدارکات جنگی در ظرف یک سال سه بار از مردم مالیات گرفت و به همین جهت اعتراض و نارضایتی مردم را برانگیخت.محمد خوارزمشاه قبل از حمله شورایی از امرای خود تشکیل داد.
امام شهاب‌الدین خیوقی از فقها و مدرسین معروف خوارزم پیشنهاد داد که از نواحی مختلف سرباز فراهم گردد و در کنار سیحون از عبور مغول جلوگیری به عمل آید ولی امرای سلطان این پیشنهاد را نپذیرفتند و گفتند که بهتر استمغول به ماوراءالنهر بیاید و به کوه‌ها و تنگناهای صعب برسند و آنوقت چون ایشان راه‌ها را درست نمی‌شناسند بر سر ایشان بتازیم. سلطان رأی دستهٔ دوم را پذیرفت و قشون و امرای خود را بین آبادی‌های عمدهٔ ماوراءالنهر متفرق نمود اما خود او قبل از آنکه سپاهیانی که از اطراف خواسته بود جمع آیند از جیحون نیز گذشت و دفاع از ماوراءالنهر را به امرا و قشون خود واگذاشت.چنگیز خان در ماه سپتامبر سال ۱۲۱۹ میلادی (۶۱۶۶ ه ق) به اُترار، در آخرین حد مرزی قلمرو خوارزمشاهیان (در قزاقستان کنونی) رسید و نیروهای خود را به سه قسمت تقسیم کرد. یک قسمت را در اختیار پسرانش اوگتای و چغتای قرارداد تا اُترار را محاصره کنند و قسمت دیگر آن را به فرماندهی جوجی جهت گرفتن شهرهای ساحل سیحون به سوی شهر جند روانه ساخت. خود او به همراهی پسرش تولی در رأس قوای اصلی به سوی بخارا حرکت کرد. رسم چنگیز چنین بود که در هنگام لشکرکشی از خدمات مشاوران و کسانی که دارای اطلاعات بودند و راه‌داران بهره می‌برد به همین جهت همواره جماعتی از تجار مسلمان که به خاطر مسافرت‌های زیاد معلومات بسیار داشتند و به چگونگی راه‌های عبور اطلاع داشتند جهت مشاوره در اردوی او بودند. همچنین پس از آغاز حمله برخی از امرای خوارزمشاه که با سلطان محمد دشمنی داشتند، مانند بدرالدین عمید نیز به اردوی چنگیز پیوستند و در باب اوضاع دربار سلطان محمد و چگونگی راه‌ها اطلاعات بسیاری به چنگیز دادند. از وضع حمله و تقسیم لشکر و دیگر تصمیمات چنگیز به خوبی معلوم‌است که چنگیز از اوضاع جغرافیایی ماوراءالنهر اطلاعات صحیح داشته‌است.چنگیزخان در سال ۱۲۲۰میلادی با قوای اصلی خود به بخارا حمله کرد ولی با ایستادگی سختی مواجه شد.اما مدافعین شهر بخارا که از همه طرف ارتباطشان قطع شده بود.به ناچار دست از مقاومت کشیدند. مهاجمان مغول پس از تصرف بخارا هزاران تن از سکنهٔ بی‌سلاح و بی‌دفاع شهر را کشتند و بقیه را همچون برده و کنیز به اسارت بردند. بعد از گرفتن بخارا چنگیزخان بزرگان بخارا را احضار کرد و از آنها جواهرات آلاتی را که سلطان محمد به آنها فروخته بود را خواست و آنها هم به طور کامل به او تحویل دادند.بعد از آن چنگیز خان راه سمرقند را پیش گرفت.سلطان محمد در این شهر نیروها و استحکامات زیادی را به وجود آورده بود به صورتی که این شهر می توانست چند سال در برابر حملات مقاومت کند.چنگیز خان رسید و شهر را محاصره کرد اما در روز سوم با حمله ناگهانی سربازان سلطان محمد به طور ناگهانی مواجه شدند این سربازان با شجاعت به سپاه مغول زدند و بسیاری از آنها را کشتند اما خودشان نیز در محاصره گیر افتادند و تمامشان کشته شدند.این حمله نافرجام روحیه مدافعین را تضعیف کرد و آنها قاضی و شیخ شهر را برای مذاکره فرستادند.با انجام مذاکره سرانجام آنها دروازهٔ شهر را به روی دشمن گشودند و قشون چنگیزی وارد شهر شده و دست به قتل عام و غارت زدند. پس از حمله شهر سمرقند به خرابه‌زار تبدیل شد و از سکنه خالی گردید.از طرف دیگرسربازان مغول به اترار یورش بردند که به گفته برخی این شهر یک ماه و به گفته برخی دیگر شش ماه در مقابل حمله دشمن ایستادگی کرد اما سرانجام سقوط کرد ، تمامی مدافعان شهر و قلعه را به قتل رساندند.آن قسمت از لشکر مغول که برای گرفتن خجند (در طرف مغرب رود سیحون در کشور تاجیکستان کنونی) اعزام شده بود، اگر چه مدت زیادی این شهر را در محاصره داشت موفق به اشغال آن نشد. از این رو پس از تصرف بخارا و سمرقند یک واحد بزرگ از سربازان مغول به یاری محاصره کنندگان خجند آمدند و بدین ترتیب ده‌هاهزار نفر قوای چنگیزی در اطراف شهر تجمع کردند. رهبر مدافعان شهر مردی به نام تیمور ملک بود. در جنگی که جهت دفاع از شهر درگرفت تقریباً تمامی سربازان تیمور ملک هلاک شدند. ولی تیمور موفق شد با عدهٔ کمی از هلاکت رهایی یابد و خود را به خوارزم و در جایی که بقیهٔ قشون قلع و قمع گردیدهٔ خوارزمشاه در آن جمع آمده بودند، برساند. تیمور ملک تمام مردان جنگی را در خوارزم متحد نموده و چندین بار علیه مهاجمان مغول به عملیات جنگی دست زد. وی بر دشمن چند ضربهٔ شدید وارد آورد ولی از آنجا که بین تیمور ملک و دیگر سرلشکران خوارزمشاه وحدت و تفاهم نبود او نتوانست این کامیابی نظامی خود را توسعه بخشد.در سال ۱۲۲۱ میلادی مغولان به فرماندهی پسران چنگیز و جوجی فرمانده چنگیز پایتخت خوارزمشاهیان که مرکز علم و ادب بود و بسیاری از بزرگان در این شهر بودند را محاصره کردند. مدافعان شهر به مدت شش ماه با مغولها شجاعانه جنگیدند. تسخیر این شهر بخاطر مقاومت اهالی چنان بر مغولان دشوار بود که غاصبان پس از وارد شدن به شهر نیز هر یک کوچه و محله را با قربانی و یا دادن تلفات عظیم به دست آوردند. آنها پس از اشغال شهر همه را سربریدند به استثنای پیشه‌وران، کودکان و زنان که آنها را برده و کنیز کردند. سپس به علت خشمگین بودن از آنهمه تلفاتی که داده بودند، تصمیم گرفتند که شهر را با خاک یکسان کنند تا اثری از آن باقی نماند. آنها بدین منظور سد ساحل رود آمو را ویران و شهر گرگانج را غرق در آب نمودند.
در سال ۶۱۶ ه ق محمد خوارزمشاه به همراه سپاهی خود را به شهر اترار و شهرهای اطراف سیحون رساند و بعد از برخورد اولیه و شکست در مقابل مغول، از آنان ترسان شد. او پس از شنیدن خبر سقوط بخارا و سمرقند، از بلخ بیرون آمد. چنگیز از ضعف و پریشانی سلطان محمد مطلع شد درصدد برآمد پیش از آنکه کمکی به او برسد، کار او را یکسره کند بدین منظور داماد خود تُغاجار و دو نفر از بزرگان لشکر خود به نامهای جبه نویان و سبتای بهادر را که در جنگ‌های چین پیروزی‌هایی کسب نموده بودند را به تعقیب سلطان محمد فرستاد و به آنان دستور داد که در سر راه توقف نکنند و تا خوارزمشاه را نگیرند از پای ننشینند و فرصت دستگیری سلطان را بخاطحمله های جبه و سبتای مغولر حمله به شهرها و آبادی‌های سر راه از دست ندهند. جبه و سبتای پس از عبور از جیحون به بلخ رسیدند.سلطان محمد خوارزمشاه از بلخ به نیشابور رسید و پس از یک ماه توقف عازم ری شد. جبه و سبتای نیز از بلخ حرکت کرده، به نیشابور رسیدند آن دو تسخیر نیشابور را به بعد موکول کرده به‌دنبال سلطان حرکت کردند. آنها در سر راه و در تعقیب سلطان آبادی‌هایی که از در اطاعت در نمی‌آمدند موردقتل و غارت قرار میدادند.
سلطان محمد عازم دژ فرزین واقع در سی فرسنگی همدان شد. در این دژ پسر او رکن‌الدین غورسانچی حاکم عراق با ۳۰ هزار نفر به انتظار رسیدن او بود. سلطان محمد در این محل زنان حرم خود را با پسرش غیاث‌الدین به قلعه قارون از قلعه‌های محکم در کوه‌های البرز و بین دماوند و مازندران فرستاد. او همچنین نزد ملک نصرت‌الدین هزار اسب, اتابک لر بزرگ پیغام فرستاد و او را به خدمت خواست و با ملک نصرت‌الدین و امرای عراق در دفع دشمن به مشاوره پرداخت.امرای عراق صلاح در آن دیدند که سلطان در اطراف اشتران کوه موضع بگیرد. ملک نصرت‌الدین هزار اسب از سلطان خواست که به کوهستان‌های میان فارس و لر بزرگ پناه ببرد و وعده کردند که از مردم لر و کوه‌کیلویه و فارس ۱۰۰ هزار پیاده برای سلطان جمع‌آوری نمایند ولی سلطان محمد نظر هیچ کدام را نپذیرفت. در این زمان بود خبر رسید که مغولان به ری رسیده و این شهر را مورد قتل و غارت قرار داده‌اند بدین جهت با پسرانش عازم قلعهٔ قارون شد و یک روز در آنجا توقف کرد. در راه جمعی از سپاهیان مغول به او رسیده و بدون اینکه او را بشناسند بطرف او تیراندازی کردند ولی سلطان نجات یافت. پس از آن او به طرف قزوین رفت و پس از ۷۷ روز اقامت در قلعهٔ سرچاهان (نزدیک سلطانیه در استان زنجان کنونی) اقامت کرد. پس از آن مغولان رد پای او را گم کردند و خیال کردند که به بغداد عزیمت کرده‌است. سلطان محمد سر راه گیلان، خود را به مازندران رساند و سرانجام در یکی از جزایر کوچک دریای خزر بنام جزیرهٔ آبسکون پناهنده شد.ترکان خاتون مادر محمد خوارزمشاه، پس از گشوده شدن پایتخت گرگانج به همراه وزیر خود، ناصرالدین نظام‌الملک، با همهٔ گنجینهها و اموال گران‌بهای شاهی به دژی در لاریجان رفت و درآنجا پناهنده شد. مغولان در اوایل سال ۶۱۷ ه ق آنجا را محاصره کردند و پس از مدتی به علت نبود آب در قلعه ساکنان آن تسلیم شدند.به غیر از این قلعه مغولان قلعهٔ قارون را نیز که پناهگاه زنان و کودکان سلطان محمد بود تسخیر کردند. مغولان ترکان خاتون و وزیر وی و فرزندان خوارزمشاه را پیش چنگیز که در حوالی طالقانِ خراسان بود فرستادند. چنگیز پس از کشتن نظام‌الملک و پسران خردسال خوارزمشاه، ترکان خاتون و دختران و زنان و خواهران سلطان محمد را به قراقروم (شمال شرقی دریای خزر) فرستاد. ترکان خاتون تا سال ۶۳۰۰ ه ق که تاریخ وفات وی است، در زندان بود.محمد خوارزمشاه در هنگام اقامت در جزیره سخت بیمار بود. او قبل از مرگ آگاه شد که لشکریان مغول در لاریجان قلعه‌ای را که پناهگاه حرم و فرزندان او بود، تسخیر کرده و پسران کوچک او را کشته و دختران و خواهران او را به اسیری برده‌اند. سلطان محمد در همین جزیره در ماه شوال ۶۱۷ ه ق درگذشت.سلطان محمد خوارزمشاه در جزیرهٔ آبسکون و در بستر مرگ، جلال الدین را به جانشینی خویش برگزید و اوزلاغ شاه را از ولیعهدی خلع کرد. سلطان جلال‌الدین، بیش از ۱۰ سال بعد از مرگ پدر در برابر سپاهیان مغول به شدت ایستادگی نمود و با هم‌دستی تیمور ملک چندین ضربهٔ شدید به قشون مغول وارد آورد.چنگیز پسر خود تولی را به خراسان مأمور کرد. در سال بعد، (۶۱۸۸ ه ق) تولی، خراسان از مرو تا بیهق (سبزوار) و از نسا و ابیورد تا هرات را یکی یکی اشغال نموده و آنجا را مانند ماوراءالنهر تخریب کرد. او به ویژه شهر مرو یکی از قدیم‌ترین مراکز فرهنگی آسیای مرکزی را خراب کرد. بعد برای سرکوبی شورش در نیشابور مردم این شهر را قتل عام کرد. مغولان در ضمن خرابی نیشابور آبادی‌های توس را نیز ویران کردند و شهر مشهد کنونی را هم که به مناسبت مزار علی بن موسی الرضا و قبر هارون الرشید محل توجه مسلمانان بود، بباد غارت و انهدام دادند. و بعد از آن به طرف هرات سرازیر شدند. تولی در هرات تنها به کشتن اتباع وفادار به جلال‌الدین پرداخت و پس از تعیین حاکم مغول برای این شهر، به جانب طالقان نزد پدر خود رفت.۶۱۹۹ ه ق چنگیز پس از عبور از معبر پنجاب و تسخیر ترمَذ و بلخ و گرفتن شهرهای ولایت جوزجانان از جیحون گذشته و به سرزمین طالقان آمد. این طالقان شهری واقع در ولایت جوزجانان بود و طالقانِ خراسان گفته می‌شد. قلعهٔ طالقان نصرت کوه نام داشت. محاصرهٔ این قلعه ده ماه به طول انجامید تا سرانجام پسران چنگیز به کمک او آمده طالقان را فتح کردند.بعد از مرگ سلطان محمد خوارزم شاه پسرانش جلال‌الدین و برادران کوچک‌ترش اوزلاغ شاه و آق شاه از خوارزم گریختند. چون خبر فرار پسران سلطان محمد به چنگیز رسید، او سپاهی مغولی را به تعقیب ایشان فرستاد. جلال‌الدین که زودتر از دو برادر خوارزم را ترک کرده بود به همراه تیمور ملک والی سابق شهر خجند در بیابان و نزدیکی شهر نسا بر گروهی ۷۰۰ نفره از مغولان پیروز شد و اسب و سلاح آنان را تصرف کرد و سپس راهی نیشابور گشت. اوزلاغ شاه و آق شاه بعد از جدا شدن از جلال‌الدین به چنگ مغولان افتادند و به دست آنان کشته شدند. جلال‌الدین نتوانست در خراسان سپاه کافی گرد آورد و بعد از مدت کوتاهی اقامت در نیشابور، به طرف هرات حرکت کرد. او در آغاز سال ۶۱۸ ه ق به غزنین رفت و به محض ورود به این شهر، دو نفر از سرداران خوارزمشاه، با ۶۰ هزار سپاهی به کمک وی آمدند. جلال‌الدین در غزنین سپاهی مخلوط از اقوام مختلف تشکیل داد و با همه لشکریان خویش به قصبهٔ پروان نزدیک غزنین رفت و و در جنگی که به جنگ پروان معروف است، سپاه مغولها را در هم کوبید و غنائم زیادی به دست آورد.پس از فتح سپاهیان جلال‌الدین به جمع‌آوری غنائم مشغول شدند و بین دو نفر از بزرگان لشکرش بر سر تصاحب اسبی نزاع درگرفت، در نتیجه سپاهش متفرق شد و او از این فتح نتوانست بهره چندانی برگیرد.پس از آن چون خبر فتح جلال‌الدین را در پروان در نزدیکی شهر غزنین به چنگیز داده بودند از راه بامیان به غزنین آمد و در بین راه بامیان را محاصره کرد. هنگامی که مغول سرگرم محاصرهٔ این شهر بودند، مُوتُوجن، پسر جغتای و نوهٔ محبوب چنگیز، به دست یکی از اهالی بامیان کشته شد. چنگیز پس از فتح بامیان دستور داد که علاوه بر مردم جانوران را هم بکشند و کسی را به اسارت نگیرند و بچه در شکم مادر زنده باقی نگذارند و سپاه مغول به دستور چنگیز شهر را چنان ویران کردند که دیگر کسی نتواند در آنجا سکونت کند.
قبل از ولیعهدی جلال الدین در زمان سلطان محمد در نخستین عبور لشکریان جبه نویان و سبتای بهادر سرداران مغول که مأموریت دستگیری سلطان محمد از طرف چنگیز به آنها داده شده بود، از خراسان، حکمران نیشابور تصمیم به تسلیم گرفت و با تقدیم هدایای نفیس و علوفه لشکر به آنان برای شهر نیشابور و مردم آن امان گرفت و باروی شهر را به دست خود و به فرمان سران سپاه مغول ویران نمود. از طرف دیگر طرفداران ترکان خاتون و اوزلاغ شاه برادر کوچکتر جلال‌الدین درصدد قتل جلال‌الدین خوارزمشاه برآمدند، جلال‌الدین بناچار به خراسان گریخت و فتوحاتی نیز به دست آورد و بعد از مرگ سلطان محمد قدرت و نفوذی یافت و مردم خراسان چون خبر فتوحات او را در پروان شنیدند به دوباره‌سازی حصر شهرها اقدام کردند و مردم نیشابور نیز از اطاعت حاکم توس که دست نشانده مغولان بود سرباز زدند و مردم توس را نیز تحریک کردند تا حاکم مغولی را نابود کنند. شورشیان توس نیز آن حاکم شهر را کشتند و سرش را به نیشابور فرستادند. بدنبال این شورش، سپاهیان چنگیز به سرداری تغاجارنویان داماد چنگیز شهر نیشابور را محاصره کردند و در سومین روز محاصره داماد چنگیز بر اثر تیر یکی از کمانداران نیشابور کشته شد. جانشین این سردار، سپاهیان را به دو قسمت تقسیم کرد بخشی را به توس فرستاد و بخشی را با خود به سبزوار برد و به تلافی مرگ تغاجارنویان سبزوار را ویران و خون بسیاری از مردم را جاری کرد.در همین ایام جلال‌الدین خوارزمشاه که در خراسان بود مدت کوتاهی به نیشابور رفت و با استقبال مردم آن شهر روبرو شد. او سه روز در نیشابور ماند و از سردارانی که مقاومت کرده بودند تمجید به عمل آورده و مسالحه‌کاران را مورد خشم قرار داد. پس از رفتن جلال‌الدین سپاهیان مغولی به فرماندهی تولی پسر چنگیز که به تازگی مرو را گشوده بودند رو به نیشابور گذاشتند. در این موقع در نیشابور قحطی سخت غلا و آذوقه بود و همین گرسنگی و ضعف از قدرت و توان جنگجویان مبارز شهر می‌کاست. مردم شهر به ناچار قاضی شهر را به صلح و تسلیم نزد تولی فرستادند اما او که قصد انتقام قتل تغارجار را داشت این مصالحه را نپذیرفت. با آن که مردم ۳۰۰۰۰ چرخ بر دیوار حصارها کار گذاشته بودند و ۳۰۰۰ عراده و منجیق نصب کرده بودند و به نفت‌انداز مجهز بودند، تاب پایداری نیاوردند و پس از سه روز جنگ سخت و کشته شدن تعداد بسیاری از دو طرف مغول پیروز شد. سرانجام در روز دهم صفر در فصل بهار ۶۱۸ مغولها به شهر نیشابور ریختند. مغولان نخست حاکم پیر شهر مجیرالملک کافی و تنی چند از بزرگان آن شهر از جمله ضیاءالملک زوزنی و شیخ فریدالدین عطار شاعر و عارف بزرگ را کشتند.مغولان تمامی زنان و مردان نیشابور را در صحرا جمع کردند و از میان آنان حدود ۴۰۰۰ نفر از پیشه‌وران و هنرمندان را جدا کردند و بقیه را کشتند. در این زمان بود که دختر چنگیز و زن تغاجار که شوهرش در محاصره شهر نیشابور کشته شده بود، برای انتقام به این شهر رسید. به دستور او شهر به آتش کشیده شد و ۷ روز بر ویرانه‌های آن آب بستند و سپس در آن جو کاشتند. تولی پس از محو کردن نیشابور راه هرات را پیش گرفت و یکی از سرداران خویش را با ۴۰۰ مرد جنگجو آنجا گذاشت تا اگر جانداری را یافتند، بی‌امان نابود سازند.
در مرو نیز مردم به امید غلبهٔ جلال‌الدین بر مغول شورش کردند و شهر دوباره به دست یاران جلال‌الدین افتاد. آنان حاکم دست نشاندهٔ مغول در مرو را کشتند. پس از آن لشکریان چنگیز به قصد خوابانیدن شورش مردم رسیدند و جمعیت ساکن مرو را به اقسام شکنجه از قبیل مثله کردن و سوزاندن در آتش کشتند. در هرات نیز مردم شوریده و حاکم مغولی را کشتند. چون این خبر به چنگیز رسید پسر خود تولی را سرزنش کرد و گفت «اگر بار اول تو تمامی مردم هرات را می‌کشتی چنین فتنه‌ای بروز نمی‌کرد.» و دستور داد که از مردم آن شهر احدی را زنده نگذارند. شهر ۶ ماه و ۱۷ روز تحت محاصره بود تا در جمادی‌الثانی سال ۶۱۹ شهر به تصرف مغول درآمد و آنان به هر کس که دست یافتند، کشتند و شهر را ویران کردند. پس از خرابی مرو، هرات و نیشابور قیام مردم سرزمین‌های جنوبی ماوراءالنهر به زودی خوابید.چنگیز پس از فتح طالقان خراسان (طالقان بلخ) و بامیان با گروه زیادی به سوی غزنین رفت تا با جلال‌الدین مقابله کند. جلال‌الدین توان پایداری در برابر خان مغول را در خود نمی‌دید، و به همین سبب غزنین را تخلیه و قصد گذشتن از رود سند را کرد. از آنجائیکه پس از گذشتن از رود سند دیگر دستگیری جلال‌الدین امکان نداشت، چنگیز با شتاب هرچه تمامتر خود را به ساحل رود مزبور رساند تا از گذشتن وی جلوگیری کند. با رسیدن سپاه چنگیز، جلال‌الدین ناگزیر به مبارزه با مغول شد و با ۷۰۰ تن از یاران خود مدتی جنگید. در آغاز کار پیشرفت با او بود و مرکز سپاهیان چنگیز را از هم گسیخت، اما سپاه چنگیز جناح راست لشکریان او را از پای درآوردند و پسر خردسال جلال‌الدین را که هفت یا هشت سال بیش نداشت اسیر گرفتند و به دستور چنگیز کشتند. در مورد سرنوشت حرم جلال‌الدین دو روایت متضاد وجود دارد، نخست اینکه شاه به خواست خود زنان حرم دستور داد که آنان را در رود سند غرق کنند. روایت دوم اینست که چنگیز زنان حرم او را اسیر کرد و با زنان اندرون سلطان محمد به قراقروم فرستاد. جلال‌الدین چون دیگر امکان پایداری نداشت، سوار بر اسب خود با زحمت از رود سند عبور کرد و به سوی هندوستان رفت تا بلکه درآنجا نیرویی تهیه کرده و بتواند دوباره با چنگیز نبرد کند.پس از گریختن جلال‌الدین به هند چنگیز چند ماه در ایران بود اما بعد به علت شورشی که در چین شمالی و تبت درگرفته بود و حضور او را ایجاب می‌کرد، بسوی آن منطقه حرکت کرد.
جلال‌الدین در سال ۶۲۱ ه ق از هند به کرمان آمد و سپس به طرف فارس حرکت کرد. اتابک سعد که پدر ملکه خاتون همسر جلال‌الدین بود، او را پذیرفت. مغولان وقتی که از شمال ایران عقب نشستند، برادر کوچکتر جلال‌الدین موسوم به غیاث‌الدین خوارزمشاه قسمتی از آنجا را یعنی خراسان و کومش، ری و اراک را به تصرف درآورده‌بود.جلال‌الدین نخست بر برادر خود غیاث‌الدین که به مقابلهٔ او آمده بود، پیروز شد و بر ری مسلط گردید. او پس از تحکیم مبانی قدرت خود، به عنوان شاه خوارزم از ناصر خلیفه دشمن پدرش کمک خواست تا به مدد او به دفع مغول بپردازد، ولی خلیفه که کینهٔ خاندان او را بر دل داشت، دعوت او را اجابت نکرد. جلال‌الدین بعد از تسخیر شوشتر و غلبه بر دست نشاندهٔ خلیفه بر آن شهر و فتح بصره برای جنگ با خیلفه به عراق آمد و قشون خلیفه را شکست داده و فتح قاطعی را حاصل نمود و دشمن را تا دروازه‌های پایتخت یعنی بغداد تعقیب کرد ولی برای گرفتن بغداد کوشش نکرد و به طرف شمال روانه شد و در سال ۶۲۲ آذربایجان و اران را اشغال نمود و حکومت اتابکان آذربایجان را از میان برداشت. در سال ۶۲۲ ه ق بعد از آنکه بر تبریز مسلط شد و قصد جهاد با گرجیان را کرد و بعد از پیروزی‌های اولیه قصد حمله به تفلیس پایتخت گرجستان را داشت که شنید مردم تبریز قیام کرده و بعضی از کسان او را کشته‌اند، پس جنگ با گرجیان را رها کرده به آذربایجان برگشت. بعد از چندی دوباره به شهر تفلیس حمله کرد و پس از فتح شهر در ۸ ربیع الاول سال ۶۲۳ ه ق عدهٔ بسیاری از مردم این شهر را قتل عام کرد. در واقع او پس از بازگشت از هند قدرت و نیروی خود را به جای اینکه معطوف به بیرون راندن دشمن از خراسان و ایران شرقی بکند، صرف جنگ‌های غیرضروری کرد تا آنجا که در مقابلهٔ مجدد با مغولان در سال ۶۲۵ ه ق در نزدیکی اصفهان آثار این فرسایش قوا آشکار شد و در مقابلهٔ مغول در نزدیکی این شهر موفقیتی به دست نیاورد.جلال‌الدین بدون داشتن منظور سیاسی خاصی با خلیفهٔ عباسی، اسماعیلیه، ملکهٔ گرجستان رُوسودان (دوران حکومت ۶۴۵-۶۲۰ ه ق)، الملک الاشرف (از ملوک ایوبی و فرمانروای حران و رها ۶۳۵-۶۱۵ ه ق) و علاءالدین کیقباد یکم (پادشاه سلجوقیان روم ۶۳۴-۶۱۵ ه ق) در افتاد و مردم این ممالک را چنان آزار رساند که در موقع ضرورت هیچکس به درخواست کمک او پاسخی نداد و بلکه برخی از ایشان مثل اسماعیلیه و مسلمین گنجه و تبریز تبعیت از مغول را بر حکومت او ترجیح نهادند. همچنین گویا در اواخر عمر در نوشیدن می به افراط افتاده بود. روایت بجای مانده از مرگ جلال‌الدین خوارزمشاه از کشته شدن او به دست یک کرد طبق برخی منابع به طمع اسب و سلاح و برخی دیگر به خاطر انتقام از کشته شدن برادر آن کرد به دست سپاه جلال‌الدین حکایت دارد. تا قریب سی سال پس از قتل او مردم که از کیفیت مرگ او اطلاع نداشتند او را زنده می‌پنداشتند و حتی در حق او افسانه‌ها نقل میکردند و هر چند مدتی کسی قیام می‌کرد و می‌گفت من جلال‌الدینم و باعث رعب و وحشت مغول می‌شد.
در پایان حملهٔ چنگیز و هنگامیکه او پس از ۴ سال جنگ به مغولستان بازمی‌گشت بخش عمدهٔ ایران زیر و رو شده بود اما ایران همچنان از قلمرو خاک خان مغول جدا مانده بود. چنگیز در سال ۶۲۴ ه ق به سن ۷۲۲ سالگی درگذشت.در سال ۶۲۶۶ ه ق به امر اوگتای قاآن پسر سوم و جانشین چنگیز سپاهی به فرماندهی جُرماغُون نُویان عازم ایران شد و به تسخیر ممالکی که مغول درست آن را نگشوده بودند مانند غزنین، کابل، سند، زابلستان، طبرستان، گیلان، اران و آذربایجان و غیره اقدام کرد.بعد از قتل جلال‌الدین لشکریان مغول به سه دسته تقسیم شدند. یک دسته به غارت دیار بکر و نواحی اطراف رفتند و تا ساحل فرات پیش رفتند. دستهٔ دیگر به طرف شهر بتلیس (در ترکیه امروزی) رفتند. دستهٔ سوم در سال ۶۲۸ ه ق بر مراغه تسلط یافتند و سپس به آذربایجان آمده و در اوایل سال ۶۲۹ قصد تصرف تبریز را کردند. مردم تبریز همینکه از نزدیک شدن سپاه مغول اطلاع یافتند با صلاح قاضی و رئیس شهر با فرستادن انواع هدایا و قبول خراجی گزافی مانع از خرابی شهر و قتل عام مردم شهر شدند. در این حملات ثانوی، مغولان چون از حملات متقابل جلال‌الدین آسوده خاطر بودند و مردم نیز از همه جهت دچار رعب و وحشت فوق‌العاده گردیده بودند، بلامانع به تسخیر نواحی باقی مانده پرداختند و تا حوالی بغداد پیش راندند.
در طی این حملات نیز به غیر از نواحی فارس و کرمان که امرای آن اتابکان فارس و قراختاییان کرمان از خراج‌گزاران مغول بودند، به قدری خرابی و کشتار کردند که دیگر هیچکس قدرت جنگ با مغول نداشت.در پایان این حملات گیلان، تنها منطقه‌ای در ایران بود که وقتی همه کشور در اشغال مغولان بود، واقعاً مستقل مانده بود و حتی سال‌ها بعد، پس از اشغال پرهزینهٔ آن توسط الجایتو ایلخان تنها اسماً نام گیلان به نام بخشی از امپراتوری مغول ثبت شد اما در واقع تحت حکومت سلسله‌های محلی اداره می‌شد. اصفهان با آنکه تا سال ۶۳۳ ه ق از حملهٔ مغول در امان باقی مانده بود. به علت دشمنی خانوادگی بین دو خاندان معروف صاعدی و خجندی، به ویرانی سوق داده شده بود.بایجو نویان در سال ۶۳۹ ه ق به عنوان فرماندهی لشکر مغول در ایران، جانشین جرماغون نویان شد. در سال ۶۴۴ ه ق گیوک خان سومین جانشین چنگیز و پسر بزرگ اوگتای قاآن ایل‌چیکدای نویان فاتح هرات را بجای بایجو مأمور ایران نمود.از سال ۶۱۸ تا سال ۶۵۴ ه ق وضع حکومت ایران و ادارهٔ آن در تحت استیلای مغول به این شکل بود که خانان مغول یک نفر را مستقیماً از مغولستان به عنوان حاکم جهت ادارهٔ این مملکت و سرداری قشون مقیم آن می‌فرستادند و این قبیل حکام به دستیاری عمال و دبیران ایرانی به جمع مالیات و اداره امور کشوری و دفع مخالفین قیام میکردند. در این دوره حکومت برعهدهٔ چهار نفر به شرح زیر بود:
-
حکومت جنتمور (۶۳۳–۶۳۰): بعد از فتح خوارزم جوجی فاتح این بلاد حکومت این قسمت را به جنتمور که در آن زمان سردار لشکر بود واگذاشت سپس در سال ۶۳۰ ه ق اوگتای خان نیز حکومت خراسان و مازندران را رسماً به اسم جنتمور صادر نمود.
-
حکومت نوسال (۶۳۷–۶۳۳): امیری کهن سال بود که بعد از مرگ جنتمور جانشین او شد و بر همان نواحی حکومت می‌کرد.
-
حکومت گرگوز (۶۴۱–۶۳۷) یکی از دبیران جوجی بود که بعد از مرگ نوسال حاکم ممالک تسخیر شده از رود جیحون تا حدود فارس و گرجستان و موصل و بلاد روم شد.
-
حکومت امیرارغون (۶۵۴–۶۴۱) بعد از کشته شدن گرگوز جانشین او شد و در حدود سیزده سال بر ایران حکومت کرد.
چهل سال پس از شکست و فرار سلطان محمد خوارزمشاه، در سال ۶۵۳ ه ق مغولان بار دیگر در سپاهی به رهبری هلاکوخان به ایران آمدند.
اما اینان با سپاه پیشین یعنی سپاه چنگیز، که به قصد تاخت و تاز آمده بودند، تفاوت بسیاری داشتند.هلاکوخان برای ایجاد یک قدرت پایدار در ایران در فکر از بین بردن خلافت بغداد و اسماعیلیه بود.به همین دلیل وقتی هلاکوخان به سال ۶۵۴ ه ق در موج دوم حمله مغول لشکر مغول به ایران آورد تسخیر قلعه‌های اسماعیلیه را اولین هدف خود می‌شناخت. در مقابل پیام هلاکو چاره‌ای جز تسلیم برای رکن‌الدین خورشاه آخرین خداوند الموت در آن زمان نماند چون فکر مقاومت بیهوده به نظر می‌رسید. در هنگام محاصرهٔ قلعه‌های اسماعیلیه رکن‌الدین، در تسخیر این قلعه‌ها به هلاکو کمک‌هایی نیز کرد اما سرانجام به دنبال تسخیر این قلعه‌ها، خود او نیز به هلاکت رسید بدین ترتیب دولت خداوندان الموت به پایان رسید.
حکومت ایلخانان در ایران از سال ۶۵۴ ه ق آغاز شد. هلاکو ممالک فتح شده را بین پسران و امرای مطیع دست نشاندهٔ خویش تقسیم کرد. از جمله خراسان و جبال را به پسرش اباقاخان، اران و آذربایجان را به پسر دیگرش یشموت داد و امیر انکیانو را فرماندار مغول در فارس کرد. وزارت خود را نیز که از آغاز ورود به ایران به امیر سیف‌الدین خوارزمی داده بود، در اواخر به دنبال قتل او در سال ۶۶۱ ه ق به شمس‌الدین محمد جوینی برادر عطاملک جوینی که حکومت بغداد را به او داده بود، سپرد. خود او نیز چندی بعد در سال ۶۶۳ ه ق در سنین ۴۸ سالگی بیمار شد و در حوالی دریاچه ارومیه درگذشت.
دفاع مردم در حملهٔ نخست مغولان در اترار به رهبری اترارخان و در خجند به رهبری تیمور ملک و در هرات به رهبری ملک شمس‌الدین جوزجانی و همچنین مقاومت اهالی خوارزم و نیشابور و هرات و در قلعه نصرت کوه (منصور کوه) در طالقان خراسان نشان از آن دارد که شهرهای مختلف ایران در دفاع مقابل مغول به شدت جنگیدند اما نفاق سران کشوری و لشکری با یکدیگر و نداشتن یک رهبر مدبر و فرار خوارزمشاه و بی‌انضباطی کار نگذاشت که این همه مدافعات دلیرانه به نتیجه‌ای قطعی منتج شود.بطور اجمالی علل شکست در برابر مغول به قرار ذیل‌است:
-
ضعف اقتصادی و فساد سیاسی در سرزمین‌های اسلامی باعث جدایی مردم از حاکمیت و کاهش انگیزهٔ مردم برای مقاومت و ایستادگی در مقابل حملات بیگانگان شده بود و وضعیتی مشابه دوران ساسانیان قبل از حمله اعراب بوجود آمده بود.
-
لشکرکشی سلطان محمد به قصد بغداد و عزل خلیفه و حذف نام او از خطبه و سکه در بین مسلمین تأثیر سوء بخشید به خصوص اینکه در نیمه راه این لشکرکشی، در اسدآباد همدان در نتیجه صدماتی که به لشکرش در اثر سرمای منطقه رسید، از لشکرکشی پشیمان شده و از نیمهٔ راه برگشت.
-
در قشون خوارزمشاهیان اکثریت را ترکان مزدبگیر داشتند و این افراد که از طایفهٔ قبچاق و قنقلی بودند فرمان مادر خوارزمشاه را بیشتر از حکم پادشاه اطاعت میکردند. نفوذ ترکان خاتون و نبود اتفاق بین او و پسرش تا حدی بود که سلطان محمد حتی در انتخاب ولیعهد کشور از خود اراده نداشت و باید از حکم مادر پیروی کند.
-
جواب‌های تند سلطان محمد به پیغام‌های چنگیز خان و قتل تجار و فرستادگان او و فروش اموال ایشان نشانهٔ بی‌تدبیری و آشنا نبودن او به قواعد سیاست‌است. انقراض دولت قراختائیان به هیچ وجه به صلاح سلطان محمد نبود. برانداختن ایشان که با وجود نداشتن دین اسلام با مردم مسلمان ماوراءالنهر به عدالت رفتار میکردند و مستولی کردن اتباع کوچلک خان نایمانی بر کاشغر و ختن و ظلم او به مسلمین آن نقاط، سدی را که بین مساکن اقوام تاتار و مغول و ممالک اسلامی بود شکست و مدافعین آن سد را که قراختائیان بودند را از میان برداشت. همچنین سلطان محمد و مادر او درهیچ یک از ممالک تحت سلطه درآمده از کاشغر (شهری در نواحی مرزی چین امروزی) گرفته تا عراق یک نفر پادشاه مقتدر را مستقل و باقی نگذاشتند و در هنگام حمله از مقابل ایشان گریختند، به همین جهت در سرتاسر مملکت کسی که بتواند رهبری را در دست گرفته و در مقابل مغول بایستد باقی نمانده بود.
-
بعد از جنگی که سلطان محمد در حدود سال ۶۱۶ ه ق با لشکریان جوجی پسر چنگیز کرد چنان رعبی از مشاهدهٔ جنگ‌آوری مغول در دل او افتاده بود که نمی‌توانست در هیچ جا در برابر ایشان بایستد و در حین فرار مردم مناطق دیگر را نیز از مغول می‌ترساند و همه را به تسلیم و اظهار اطاعت از ایشان دعوت می‌کرد. فرار او در روحیهٔ لشکریان و مردم تأثیر بسیار بدی گذاشت و رشتهٔ نظم قشون و دفاع مردم را به کلی از هم گسیخت.
-
قتل عارف معروف مجدالدین بغدادی (۶۱۲–۵۵۴ ه ق) به دست سلطان محمد، در میان مردم دشمنان بسیاری بخصوص در طبقهٔ روحانیون بوجود آورد و اسباب ضعف حکومت سلطان محمد شد.
-
خوارزمشاه و مادر او هر دو بسیار با مردم بدرفتار بودند بعد از شکست دادن قراختائیان و استیلای بر ماوراءالنهر لشکریان خوارزمشاه به قدری مردم آن دیار را آزار رسانیدند که اهالی مسلمان بخارا و سمرقند به خراج‌گزاری غیرمسلمانان قراختایی راضی‌تر شدند تا به قبول حکم خوارزمشاه و از در مخالفت با خوارزمشاهیان در آمدند.
-
لشکریان چنگیز همه از یک نژاد و دارای زبان و اخلاق و آداب و منظور واحد بودند و این موردی بود که درست خلاف آن در میان لشکریان مدافع خوارزمشاه دیده می‌شد. مردم برخی از نواحی ایران به حکومت خوارزمشاهیان مایل نبودند و همین امر یکی از علل عمدهٔ پیدا نشدن اتحاد در میان مسلمینی بود که در خراسان و افغانستان در مقابل مغول می‌جنگیدند و غالباً بین عناصر ایرانی و ترکان قنقلی و خوارزمی اختلاف حاصل می‌شد.
-
پسران بزرگ سلطان محمد یعنی جلال‌الدین و رکن‌الدین و غیاث‌الدین پس از مرگ پدر به جای آنکه با هم متحد شده و دشمن را براندازند، با هم به نزاع پرداختند.
-
ناصر خلیفه که به مدت ۴۶ سال خلافت عباسیان را برعهده داشت غالباً سلاطین ایران را به هم می‌انداخت و در هنگام کمک‌خواهی جلال‌الدین مانع از کمک‌رسانی عراقِ عرب و امرای الجزیره و شام و روم برای دفع مغول شد.
در کتاب‌های تاریخی این دوران از جمله تاریخ جهانگشای جوینی، حمله مغول نشانه‌ای از عذاب الهی و نشانه‌ای از قهر خداوند شمرده شده و در این دوره بسیاری از مردم اعتقاد به این داشتند که این قضا و قدر الهی است که اسباب قوت و قدرت لشکر مغول شده‌است. در کتاب‌های تاریخی این دوره همه جا مقاومت مردمی را که در مقابل مهاجمان مغول دفاع میکردند، کاری غیرعاقلانه شمرده شده‌است.بعد از دور اول حمله و پخش خبر فجایع مغول در بین مردم وحشتی عظیم بوجود آمد. در سال ۱۲۳۸ میلادی (۶۳۸–۶۳۷ ه ق) وحشتی که از مغول در اروپای غربی میان مردم پیدا شده بود به اندازه‌ای بود که ماهیگیران سواحل هلند جرأت ماهیگیری در دریای شمال و حوالی انگلستان را در خود نمی‌دیدند.به نظر می‌رسد که صدمات و لطمه‌های روحی و فرهنگی حملهٔ مغول بیش از ویرانی فیزیکی و خسارت‌های اقتصادی آن بوده‌است. مغولها بر ایران مسلط شدند بدون آنکه ایدئولوژی جدیدی با خود آورده باشند.در این حمله مراکز علمی و فرهنگی از جمله کتابخانه‌های بسیاری سوزانده و ویران شد. شهرهای بزرگ بسیاری از بین رفت و به دنبال آن مراکز نشو و نمو فکری به حداقل رسید. پس از بین رفتن مراکز علمی و فرهنگی، پویایی جامعه رو به افول گذاشت و عرفان و گرایش‌های غیرعقلی گسترده‌تر از قبل شد و عملاً مردم را نسبت به سرنوشت خود بی‌اعتنا ساخت. حمله مغول بر رونق تصوف افزود زیرا در دوران ویرانی و مصیبت تصوف به مهمترین پناهگاه روحی و فکری مردم تبدیل شد و بسیاری به آن گرویدند.
پیامد ها
-
کاهش جمعیت
در اثر حمله مغول ها با بی رحمی هایی که از خود نشان دادند افراد زیادی را مورد قتل و عام قرار دادند وهمچنین افراد زیادی را به اسارت بردند.همچنین مغول ها بعد از فتوحات خود هزاران نفر از افراد را در جلو سپاه خود حرکت میدادند و از آنها در مقابل تیر و نیزه مدافعین استفاده میکردند در واقع از آنها به عنوان سپر انسانی استفاده میکردند. بسیاری نیز در اثر بیماری‌های واگیر یا گرسنگی که در پی هر تهاجم خارجی پیش می‌آمد جان خود را از دست دادند.همه اینها عواملی برای کاهش جمعیت بود.
-
رکود کشاورزی
یکی از پیامدهای اسفناک هجوم قبایل به ایران از بین رفتن شبکه‌های آبیاری بود. ل‍ئ‍ودو ه‍ارت‍وگ تاریخ‌دان هلندی در بخشی از کتاب تاریخ مغول به عنوان «تخریب قرن‌ها سازندگی»، می‌نویسد ایرانیان شبکه‌های آبیاری گسترده‌ای در منطقهٔ خوارزم ساخته بودند که آب جیحون را برای کشاورزی از طریق کانال‌های متعددی به مناطق همجوار منتقل می‌کرد. چنین ساختاری بالطبع خوارزم را مبدل به یکی از توسعه‌یافته‌ترین مناطق ایران نموده بود و گرگانج پایتخت آن را به صورت یکی از مراکز مهم تجارت در آورده بود. اما همهٔ اینها در هجوم مغول به معنای دقیق کلمه از میان رفت.عنصر دیگری که مناطق کشاورزی ایران را در معرض نابودی قرار داد تبدیل زمین کشاورزی به مراتع و چراگاه برای احشام مغول بود. عامل دیگر رکود کشاورزی این بود که برخی از ساکنان اسکان‌های دائم به لحاظ فقدان امنیت و هرج و مرج شهر یا روستا و را رها کرده و به دنبال صحرانشینان به راه افتادند. از آنجا که لازمهٔ کشاورزی اسکان دایم و مراقبت از زمین‌است. این تغییرات جمعیتی تأثیرات مخربی بر کشاورزی ایران برجا گذاشت.
-
به اسارت بردن صنعتگران
مغولان به ارزش صنعتگران و کسانی که حرفه و دانش فنی داشتند و به نحوی در امر تولیدات شرکت داشتند، واقف بودند. در برخی از قتل‌عام‌ها مانند قتل‌عام مردم نیشابور، سمرقند، گرگانج و مرو در منابع تاریخی به صراحت ذکر شده‌است که مغولان قبل از شروع کشتار، اسیران صنعتگر را از بقیه مردم جدا کرده و روانهٔ مغولستان کردند. انتقال و از دست دادن هزاران صنعتگر ایرانی که در این حمله به اسارت درآمدند، صدمهٔ دیگری بود که بر پیکر اقتصادی ایران وارد آمد.
-
رونق روابط تجارتی
قوم مغول از قبل از حمله در باز گذاشتن راه‌های تجارتی سعی بسیاری داشتند و بعد از مغلوب ساختن کشورهای آسیای مرکزی و غربی این سیاست دیرینه را بیشتر تقویت کردند. در آمدن قسمت بزرگی از آسیا در زیر استیلای مغول و ادارهٔ آن تحت یک اداره و حکومت و محترم شدن یاسای چنگیز باعث برافتادن عموم سدهای بزرگی گردید که سابقاً به علت اختلاف طرز حکومت و وجود سرحدهای سیاسی و آداب و اخلاقی مانع آمیزش مستقیم ملت‌ها بود. بر اثر ایجاد دولت واحد مغول و امنیت راه‌ها نه تنها رفت و آمد بین دو مملکت متمدن قدیم چین و ایران دایر گردید بلکه بر اثر سیاست بین‌المللی ایلخانان ایران، روابط با پاپ‌ها و سلاطین عیسوی اروپا و همچنین ارتباط با شام و مصر نیز برقرار گردید.
-
مهاجرت مغزها
پس از حملهٔ مغول شماری از دانشمندان که در این حمله جان سالم بدر برده بودند به مناطق امن مانده از این حمله مهاجرت کردند. آسیای صغیر جزو معدود مناطق امنی بود که شماری از دانشمندان و برخی از آثار علمی را از خطر نابودی نجات داد. سلسله سلجوقیان روم که هنوز بر بخشهای گسترده‌ای از آسیای صغیر فرمان میراندند، این منطقه را از مغولان مصون داشتند. بر موصل و نواحی آن، بدرالدین لؤلؤ نخست از سوی ایوبیان و بعد به استقلال حکم می‌راند و شهر موصل در نیمهٔ نخست سدهٔ هفتم از مراکز پر رونق علوم و معارف اسلامی بود. اتابکان فارس نیز که با دوراندیشی به تحتالحمایگی خوارزمشاهیان و ایلی چنگیزیان تن در دادند، توانستند منطقهٔ نسبتاً آرامی در منطقهٔ فارس و سواحل جنوب ایجاد کنند که پناه فراریان، بخصوص دانشمندانی شد که از دم تیغ مغولان میگریختند.
منبع
