محدث قمی در شب سه شنبه ۲۲ ذی الحجه سال ۱۳۵۹ قمری و در سن ۶۵ سالگی در نجف درگذشت. نماز بر پیکر او را سید ابوالحسن اصفهانی در صحن حرم امیر مؤمنان(ع) اقامه کرد و پیکرش در جوار استادش محدث نوری در حرم دفن گردید. سید محسن امین مینویسد: سه مجلس بزرگداشت برای وی در نجف، کربلا و کاظمین برگزار شد.